Město Pedernales se nachází v jihozápadní části území Dominikánské republiky, v jižní části ostrova Hispaniola. Leží u stejnojmenné řeky, která tvoří přírodní hranici s republikou Haiti. Sousedním místem v republice Haiti (na západ od hraniční řeky) je Anse-à-Pitre v okrese Sud Est.
Žije zde něco přes 21 tisíc obyvatel a je to jedno ze 31 provinčních měst. Na jihu hraničí město i provincie s pobřežím Karibského moře, na severu s provincií Barahona a na východě leží provincie Independencia. K městu patří také ostrůvky Beata a Alto Velo.